Công ty Khai thác công trình thuỷ lợi An Hải tiền thân là Trạm thuỷ nông An Hải được thành lập năm 1970, trực thuộc Công ty quản lý thuỷ nông Hải Phòng.

Ngày 01/3/1982, UBND thành phố Hải Phòng ban hành Quyết định số 166/QĐ-TCCQ về việc thành lập Xí nghiệp Quản lý thuỷ nông An Hải trực thuộc UBND Huyện An Hải trên cơ sở bộ máy tổ chức của Trạm thuỷ nông An Hải.

Thực hiện Quyết định số 188/QĐ-UB ngày 01/4/1986 của UBND thành phố Hải Phòng, Công ty thuỷ lợi An Hải thành lập trên cơ sở sát nhập Xí nghiệp Quản lý thuỷ nông An Hải, Xí nghiệp xây dựng thuỷ lợi An Hải và Phòng Thuỷ lợi An Hải.

Ngày 02/7/1991, Uỷ ban nhân dân thành phố ban hành Quyết định số: 164/QĐ-UB về việc tách Công ty thuỷ lợi An Hải thành Xí nghiệp thuỷ nông An Hải và Xí nghiệp Xây dựng thuỷ lợi An Hải.

Ngày 22/11/1995, Chủ tịch UBND Thành phố Hải Phòng đã ban hành Quyết định số 1926/QĐ-TCCQ thành lập Công ty Khai thác công trình thuỷ lợi An Hải.

Ngày 04/08/2009, UBND thành phố ban hành Quyết định số 1482/QĐ-UBND về việc chuyển Công ty Khai thác công trình thủy lợi An Hải thành Công ty TNHH một thành viên Khai thác công trình thuỷ lợi An Hải.

Hiện nay Công ty đang hoạt động theo Điều lệ Tổ chức, hoạt động đã được UBND Thành phố ban hành kèm theo Quyết định số 2607/QĐ-UBND ngày 08/10/2018 và Quyết định số 2354/QĐ-UBND ngày 01/10/2019. Công ty được định hạng lại hạng II theo văn bản số 4606/UBND-VX ngày 12/7/2021 UBND thành phố.